初代型
2003年5月30日に「シグナスX」が新登場。型式は、BC-SE12J
車名の「シグナス」は「白鳥座」を指す。シート下トランク容量は、28.5リットル。車体色は、3色(シルバー1、ブラック2、、ホワイトメタリック1)。
2004年8月20日に「シグナスX SR」が新登場。型式は、BC-SE12J
シグナスX SRの新たな特徴は、3段階調整式リアサスペンション、スポーティなカラー＆グラフィック、ブラック仕上げフロントフォークアウターチューブ、ブラック仕上げ前後アルミホイールなど。車体色は、2色(ビビッドレッドメタリック５、ブラックメタリックＸ)。
シグナスXとシグナスX SRの違いはこちら。
2005年3月25日に「シグナスX」をマイナーチェンジ。
新色「ガンメタ」を設定。全色にメーターパネル周り、ハンドルスイッチにメタル調の塗装を採用、メーターパネルにブラックメーターパネルを採用。フロントフォークアウターチューブと前後ホイールをブラックとした。車体色は、新色1色(ミッドナイトシルバー)と継続色2色(シルバー１、ホワイトメタリック１)の3色。
2005年8月22日に特別・限定仕様「シグナスＸSR50thアニバーサリースペシャルエディション」を発表。
「シグナスX SR」からの変更点は、「USインターカラー」の象徴であるイエローの専用車体色とホワイト＆ブラックのストロボパターン専用グラフィック、50周年記念エンブレム、「CYGNUS‐X SR」の専用エンブレム（フロント）。車体色は、1色(ビビッドイエローソリッド２)。
2005年9月20日に「シグナスX SR」をマイナーチェンジ。
新たな変更点は、マットチタン色メーターパネル周りの採用、マットチタン色ハンドルスイッチカバーの採用、レッドの強制空冷ファン採用などを行った。車体色は、2色(ブラックメタリック、ビビッドレッドメタリック５)。
2006年4月10日に「シグナスX」と「シグナスX SR」をカラーチェンジ。
車体色は、「シグナスX」が新色1色(ディープパープリッシュブルーメタリックC)と継続色2色(ホワイトメタリック1、ミッドナイトシルバー)の3色。「シグナスX SR」が2色(ブラックメタリックX、ビビッドレッドメタリック5)。
2代目
2007年10月12日に「シグナスX 」をフルモデルチェンジ。型式は、EBJ-SE44J

モデルチェンジでの主な変更点は、始動性に優れ高い環境性能を実現するF.I.採用、駆動系のセッティング変更による中低速域でのパワーフィーリング向上、ポジションランプ一体型ヘッドライト採用などのシャープな新デザイン、シートのクッション厚アップ、フットボード前面の傾斜角拡大、アナログスピードメーターとデジタル表示液晶式燃料計を組み合わせた新メーターパネルの採用など。車体色は、3色(ブラックメタリックX、シルバー3、ホワイトメタリック1)。
シグナスXの初代と2代目の違いはこちら
2007年12月14日に「シグナスX SR」をフルモデルチェンジ。型式は、EBJ-SE44J
フルモデルチェンジでの変更点は、上の「シグナスX 」と同じ。車体色は、2色(ビビッドレッドメタリック5、ブラックメタリックX)。
2009年12月10日に「シグナスX 」をカラーチェンジ。
車体色にシックなシルバーを新たに設定。全てのカラーにフロントフォークアウターチューブ・前後ホイール・フロントディスクブレーキ内側にブラック塗装を施した。車体色は、3色(スターダストシルバー(新色)、ブラックメタリックＸ、ホワイトメタリック1）。
2010年1月20日に「シグナスX SR」をマイナーチェンジ。
車体色の「ブラックメタリックX」で艶ありと艶なしに塗り分けを施し、「ビビッドレッドメタリック5」はレッドとブラックに塗り分けた。またシート表皮に赤いステッチを施し、前輪ディスクブレーキ内側にブラック塗装を施した。車体色は、2色(ブラックメタリックX、ビビッドレッドメタリック5)。
2011年2月25日に「シグナスX SR」をマイナーチェンジ。
アナログ式タコメーターを採用。ホワイト・オレンジ・グリーンから液晶画面の照明色を選べるデジタル式スピードメーターを採用。二人乗り走行時の快適性に配慮した折りたたみ式のタンデムステップを採用。スモーク調の立体エンブレムを新たに装備。車体色は、従来と同じ2色(ブラックメタリックＸ、ビビッドレッドメタリック5）だがグラフィックは、変更された。
2012年2月28日「シグナスX SR」の特別・限定仕様「WGP50thアニバーサリーエディション」を発売。
基本車両をベースに、MotoGPマシン「YZR-M1 WGP参戦50周年記念カラー」と同様の赤と白を基調にしたスポーティなカラーを施したモデル。車体色は、ブルーイッシュホワイトカクテル1。
3代目
2013年2月8日に「シグナスX」と「シグナスX SR」をマイナーチェンジ。
都会派スポーティイメージを印象づける洗練されたスタイリングを採用。従来モデルより約2.5L容量増の約31.0Lの大容量シート下トランクを採用。新デジタル＆アナログのコンビネーションメーターを採用。LEDランプ（前ポジション、テールライト）採用など。車体色は、「シグナスX」が2色(ブラックメタリックＸ、ホワイトメタリック1)。「シグナスX SR」が1色(ビビッドレッドメタリック5)。
シグナスXの2代目と3代目の違いはこちら

2014年4月に特別・限定仕様「シグナスX SR YSP30thAnniversaryEdition」を発売。
YSP誕生30周年を記念した限定カラー＆グラフィックを採用したモデル。車体色は、レッド（YSP 30thアニバーサリーエディション）の1色。
2015年2月14日に「シグナスX SR」をカラーチェンジ。
ビビッドなカラーリングがスポーティさを際立たせる「SHOW OFF SPORTY」系3色(ブラックメタリックX（ブラック/イエロー）、ホワイトメタリック1（ホワイト）、ブラックメタリックX（ブラック）)と都会的で落ち着いた大人の上質を感じさせる継続設定の「URBAN SPORTY」系2色(ビビッドブルーメタリック1（ブルー）、ビビッドレッドメタリック5 (レッド))の全5色設定。「SHOW OFF SPORTY」系3色には、モール部に「YAMAHA」ロゴを配した。
4代目
2015年11月20日に「シグナスX SR」をフルモデルチェンジ。型式は、EBJ-SEA5J
主な変更点は、実用域のトルクを向上し、加速性能を向上させつつ、実用燃費も改善。車体は、新作フレーム、新作フロントフォーク＆リアアーム、新作5本スポークホイールなど軽量化技術を織り込み、車両重量が従来より4kg軽くなる。ほかにも200mm径リアディスクブレーキを採用。 新リフレクター採用のヘッドライト、LED導光体併用ポジションランプ、LEDと導光材を組み合わせたテールライト、青バックの液晶メーターなどを採用。シート下トランク容量は、29リットル。車体色は、5色(マットブラック2、ディープパープリッシュブルーメタリックC、ビビッドレッドメタリック5、ホワイトメタリック1、ブラックメタリックX)。
シグナスXの3代目と4代目の違いはこちら
2017年2月10日に特別・限定仕様「シグナスX SR SPECIAL EDITION」を発売。
主な特徴は、ヤマハレーシングブルーとシルバーのツートンカラー。「SPECIAL EDITION」専用エンブレム。ゴールドキャリパーなどを追加。車体色は、1色(ディープパープリッシュブルーメタリックC）。
2017年8月21日に「シグナスX SR」をマイナーチェンジして発売。型式は、2BJ-SED8J
平成28年度国内排出ガス規制へ適合とカラーリングを変更。車体色は、全て新色の4色(ラジカルホワイト、ミッドナイトシルバー、ディープパープリッシュブルーメタリックC、カームイエロー)。
シグナスX SRの「EBJ-SEA5J」と「2BJ-SED8J」の違いの比較は、こちら。
2017年9月6日に特別・限定仕様「シグナスX SR Movistar Yamaha MotoGP Edition」を発売。
主な特徴は、レースを象徴するヤマハレーシングブルーの外装色。スプリングのカラーがイエローのリアサスペンション。ゴールドカラーの前後ブレーキキャリパー。ゴールドカラーの音叉マーク。Movistarロゴマークをあしらったグラブバーなどを採用。車体色は、1色(ディープパープリッシュブルーメタリックC)。
2018年2月10日に「シグナスX SR」に新色を追加して発売。

新色のマットブラック2とディープパープリッシュブルーメタリックCを追加。車体色は、6色(ディープパープリッシュブルーメタリックC、マットブラック2、ラジカルホワイト、ミッドナイトシルバー、ディープパープリッシュブルーメタリックC、カームイエロー)。
5代目
2018年11月9日に「シグナスX」にマイナーチェンジして発売。
主な変更点は、LEDヘッドランプや導光タイプのLEDテールランプなど新作灯火器を採用。フルデジタルの液晶マルチファンクションメーターを採用。USB対応の12V・DCジャックの採用など。車体色は、4色(ビビットレッドメタリック5、ダークグレーメタリックL、ホワイトメタリック1、ブラックメタリックX)。
シグナスX SR(4型)とシグナスX(5型)の違いの比較は、こちら。
2019年9月10日に「CYGNUS-X Monster Energy Yamaha MotoGP Edition」を発売。
スタンダードモデルをベースにレースを象徴するヤマハレーシングブルーを加えた外装色。「YZR-M1」をイメージさせるモンスターエナジーヤマハのグラフィック。ゴールドカラーの音叉エンブレム。ゴールドカラーの前後ブレーキキャリパー。イエロースプリングの専用リアサスペンションなどを採用。車体色は、ブラックメタリックX（ブラック）。
2020年4月10日に「シグナスX」にカラーチェンジして発売。
車体色は、4色(ディープパープリッシュブルーメタリックC、ブルーイッシュホワイトカクテル1、ビビッドレッドメタリック5、ブラックメタリックX）。
2020年10月20日に「CYGNUS-X Monster Energy Yamaha MotoGP Edition」を発売。
スタンダードモデルをベースに、レースを象徴するヤマハレーシングブルーとブラックで統一したレーシーな外装色を採用、「YZR-M1」をイメージさせるモンスターエナジーヤマハのグラフィックを採用、ゴールドカラーの音叉エンブレムなどを採用。800台限定で発売。車体色は、ブラックメタリックX。
6代目
2026年5月22日に「シグナスX」を新発売。型式は、8BJ-SEM5J
前年モデルまでのシグナス・グリファスの後継モデル。124ccの水冷4ストローク単気筒エンジンを引き続き採用しつつ、無段変速機（CVT）は加速性能を重視した仕様へと変更。また、新たにトラクションコントロールシステムを装備している。フロントブレーキのディスク径もシグナス・グリファスより拡大され、従来の245mmから267mmへと大型化された。一方で、フロントタイヤの幅は120mmから110mmへと細くなっている。このタイヤサイズの変更は、より軽快なハンドリングを実現するためのもので、2020年までのシグナスXと同じサイズとなった（リアタイヤはシグナス・グリファスと同一）。フロントタイヤの変更に伴いサスペンションも見直され、リアショックには4段階のプリロード調整機構が備えられている。さらに、フロントボックスにはUSB Type-Cの充電ポートが新たに設置された。車体色は、3色(ディープパープリッシュブルーメタリックC、ブルーイッシュホワイトパール1、マットダークグレーメタリック8）。
シグナスXの型式「2BJ-SED8J」と「8BJ-SEM5J」の違いの比較は、こちら。
2026年8月25日に「CYGNUS X Special Edition」を発売。

ベースモデルからの構成変更はほぼなく、ヤマハのスポーツバイクにおける最上位モデル・YZF-R1Mを彷彿させるカラーイメージなどを車体に取り入れたもの。ゴールドのブレーキキャリパー、イエローのリアサスペンションスプリングといったパーツも、スポーティな印象を強めている。シートについては、スエード調の表皮にカーボン柄を組み合わせたデザインが採用された。販売台数は800台限定。車体色は、マットグレーメタリック8。

シグナスXの買取相場