※ここでは、省略して1999年からにしています
1999年9月9日に「スーパーカブ50」シリーズをマイナーチェンジ。型式は、BA-AA01
スーパーカブ50スタンダード、デラックス、カスタムのキャブレターのセッティングを変更し、ブローバイガス還元装置を採用。国内の新排出ガス規制に適合させた。
2001年3月22日に「スーパーカブ50スタンダード」をマイナーチェンジ。
リアキャリアを大型キャリアからリトルカブのキャリアに変更、レッグシールドとサイドカバー、フロントカバー、ステッカーを車体色に合わせたカラーに変更。
2002年2月13日に「スーパーカブ50」シリーズをマイナーチェンジ。
スーパーカブ50スタンダード、デラックス、カスタム、ストリートのトップカバーエンブレム、ボディーステッカーを一新。盗難抑止システムとして別売のホンダアクセス製「アラームキット」が装着できるプレワイヤリングを装備。
2007年9月21日に「スーパーカブ50」をマイナーチェンジ。型式は、JBH-AA01
新たに電子制御燃料噴射システム（PGM-FI）を搭載し、触媒装置（キャタライザー）をエキゾーストパイプ内に装備して平成18年国内二輪車排出ガス規制に適合。エンジンのクランクケースカバーをシルバーからブラックに変更。マフラーガードの形状を変更。
スーパーカブ50の「BA-AA01」と「JBH-AA01」の違いの比較は、こちら。
2008年8月1日に「スーパーカブ50・50周年スペシャル」を限定発売。
ヘッドライト下部のフロントトップカバーにゴールドカラーのオーナメントを採用。サイドカバーに「50th ANNIVERSARY」の記念エンブレムを採用。シート下部のボディ左右に、「Super Cub」のゴールドカラーのステッカーを採用。メーター内に、「50th ANNIVERSARY」のロゴを採用。
2012年5月25日に「スーパーカブ50」をフルモデルチェンジして発売。型式は、JBH-AA04
生産は、中国で従来モデルのカスタムタイプ（4速ミッション、セルフスターター装備）よりメーカー希望小売価格が48,300円（税込み）安く設定。
スーパーカブ50の「JBH-AA01」と「JBH-AA04」の違いの比較は、こちら。
2012年9月14日に「スーパーカブ50プロ」を発売。

スーパーカブ50のビジネス仕様。新聞配達や宅配用途で求められる取り回しの良い車体サイズや優れた積載性を実現。14インチホイールを前後輪に採用し、サスペンションもフロントインナーチューブとリアスプリングを大径化。フレームマウントの大型フロントバスケットと大型リアキャリアを標準装備。
2017年11月10日に「スーパーカブ50」と「スーパーカブ50プロ」をフルモデルチェンジ。型式は、2BH-AA09
2段式キャタライザーを採用した新型のエキゾーストマフラーの採用などで平成28年排出ガス規制に適合。低フリクション技術の導入、オイル周りの見直しなどにより耐久性も向上。ボディ両サイドには取り外し可能なサイドカバーを新設。右側はECUなどの電装部品へのアクセスを容易にし、左サイドカバー内は小物の収納スペースとした。デザインは、伝統的なスーパーカブらしい丸目ヘッドライトに戻り、LED化された。また、生産場所が日本国内の熊本製作所に戻った。
スーパーカブ50の「JBH-AA04」と「2BH-AA09」の違いの比較は、こちら。
2018年11月22日に「スーパーカブ50 60周年アニバーサリー」を発売。
受注期間限定で特別なカラーリングのマグナレッドのアニバーサリーモデル。ツートーン仕様のシート、ブラック塗装のリアキャリア、60周年記念エンブレムがサイドカバーとキーを採用。
2019年3月15日に「スーパーカブ50・ストリート」を受注期間限定で発売。
スペシャルカラーバージョンで車体色は、「ボニーブルー」と「ハーベストベージュ」の2色。レッグシールドが車体色と同じで、サイドカバーやリアキャリア、前後ホイールのハブ、スイングアームなどをブラックに変更。シートの後部とメインキーには、歴代スーカーカブのロゴやイラストが描かれた。
2020年7月23日に「スーパーカブ50・『天気の子』ver.」を受注期間限定で発売。
車体色は、「天気の子」製作委員会監修のもと、劇中のカラーリングを忠実に再現した「サマーピンク」を採用。ブラウンのシートと合わせ特別な仕様。またレッグシールド内側上部に『天気の子』ver.専用ステッカーを配置。
2022年6月27日に「スーパーカブ50」と「スーパーカブ50プロ」をカラーチェンジ。
車体色は、「スーパーカブ50」が3色(グリントウェーブブルーメタリック、バージンベージュ、タスマニアグリーンメタリック)。「スーパーカブ50プロ」が1色(セイシェルナイトブルー)。
2024年12月12日に「スーパーカブ50ハローキティ」と「スーパーカブ50ファイナルエディション」を受注期間限定で発売。
どちらも2024年11月8日から11月24日までの期間限定で受注され、2024年12月12日に発売。「スーパーカブ50ハローキティ」は、サンリオの人気キャラクター、ハローキティの登場から50周年を記念したコラボレーションモデルが、スーパーカブ50/110に設定された。レッグシールドとリアフェンダーにはロゴマークが入り。シート後部にはキティちゃんが描かれ、その下のサイドカバーは、立体のキティちゃんがデザインされた。「スーパーカブ50ファイナルエディション」は、スーパーカブ50が生産終了になることになり設定されたファイナルエディション。メーターリムとマフラーカバーをメッキ仕様とし、シートにはツートーンカラーを採用。往年のスーパーカブをイメージした「ボニーブルー」のカラーリングを設定。
スーパーカブ50とスーパーカブ50ファイナルエディションの違いの比較は、こちら。

スーパーカブ50の買取相場